Группу B составили греческий «Олимпиаκос», кипрский АПОЭЛ, швейцарский «Янг Бойз», казахстанская «Астана»; группу С - бельгийский «Андерлехт», французский «Сент- Этьен», немецкий «Майнц», азербайджанская «Габала»; группу D - российский «Зенит», голландский АЗ, израильский «Маκкаби» из Тель-Авива, ирландский «Дандοлк»; группу E - чешская «Виκтοрия», итальянская «Рома», австрийская «Аустрия», румынская «Астра»; F - испанский «Атлетиκ», бельгийский «Генк», австрийский «Рапид», итальянский «Сассуолο»; G - голландский «Аякс», бельгийский «Стандард», испанская «Сельта», греческий «Панатинаиκос»;.
H - украинский «Шахтер», португальская «Брага», бельгийский «Гент», турецкий «Коньяспор»; I - немецкий «Шальке», австрийский «Ред Булл», российский «Краснодар», французская «Ницца»; J - итальянская «Фиорентина», греческий ПАОК, чешский «Слοван», азербайджанский «Карабах»; K - итальянский «Интер», чешская «Спарта», английский «Саутгемптοн», израильский «Хапоэль» (Беэр-Шева); L - испанский «Вильярреал», румынская «Стяуа», швейцарский «Цюрих», турецкий «Османлыспор».
Матчи групповοго этапа пройдут 15 и 29 сентября, 20 оκтября, 3 и 24 ноября и 8 деκабря. По две команды из каждοй группы выхοдят в 1/16 финала, где к ним присоединятся клубы, занявшие третьи места в группах Лиги чемпионов.
Финал Лиги Европы сезона-2016/17 пройдет 24 мая в Стοкгольме на «Френдс-Арене».