27-летний футболист начал профессиональную карьеру в 2009 году в клубе «Унион Сан-Жуан» из Сан-Паулу, затем на правах аренды по году защищал цвета бразильских коллективов «Понте-Прета», «Крузейро» и «Гремио».
В начале 2013 года Налдо перебрался в Европу, подписав контракт с испанской «Гранадой», и сразу же был отдан в аренду в итальянскую «Болонью», в которой выступал до конца сезона. Летом 2013-го был продан в «Удинезе», в первом сезоне в составе удинцев сыграл всего 17 матчей, а следующий сезон провел на правах аренды в испанском «Хетафе», где являлся уже твердым игроком основного состава. Летом 2015 года Налдо переехал в Португалию, став игроком лиссабонского «Спортинга», в рядах которого завоевал Суперкубок страны.